Streszczenie: Nasz organizm jest zasiedlony przez biliony symbiotycznych bakterii. Najliczniejsza i najbardziej różnorodna ich populacja kolonizuje jelito, górne drogi oddechowe i układ moczowo-płciowy. Działają one wielokierunkowo, wspierając nasze zdrowie. Kiedy mikrobiota ta funkcjonuje prawidłowo pomaga w przyswajaniu składników odżywczych, reguluje pracę układu odpornościowego, chroniąc śluzówki i cały ustrój przed patogenami, neutralizuje niektóre ksenobiotyki, odtruwa więc organizm i chroni przed kancerogennymi mutacjami. Naturalną pożyteczną mikrobiotę możemy wspomóc przyjmując probiotyki i/lub prebiotyki w produktach spożywczych oraz
suplementach diety i lekach. Ich cennym naturalnym źródłem są mleko i produkty nabiałowe, szczególnie fermentowane (np. kefiry, jogurty i sery). Wśród substancji prebiotycznych znajdziemy tu m.in. oligosacharydy, lizozym, laktoperoksydazę czy laktoferynę. Białko to promuje wzrost symbiotycznej mikrobioty jelita i dróg rodnych, co potwierdzono w licznych testach. Aktywność taka, w połączeniu z działaniem przeciwmikrobiologicznym wobec drobnoustrojów patogennych, przywraca równowagę mikrobioty w obrębie błon śluzowych, co skutecznie eliminuje czynniki zakaźne i procesy zapalne. Najmłodsze dzieci wspomaga laktoferyna przyjmowaną z mlekiem matki. W późniejszym wieku możemy liczyć na własne, endogenne białko wydzielane przez błony śluzowe i neutrofile albo jego dostawę z nabiałem (nie poddanym agresywnej obróbce termicznej) lub suplementami diety. Na rynku znajdziemy zarówno produkty z samą laktoferyną bydlęcą, dodatkowo z innymi prebiotykami, np. inuliną czy oligosacharydami, a także z probiotykami. Skuteczne są preparaty laktoferynowe przyjmowane doustnie, co potwierdzono w licznych badaniach, także klinicznych. Białko jest względnie oporne na trawienie. Natywne lub w postaci peptydów może docierać do jelita, działać lokalnie na mikrobiotę i układ odpornościowy związany z tutejszą błoną śluzową, i tą drogą wzmacniać odporność ogólnoustrojową.
1. Wprowadzenie. 2. Mikrobiota przewodu pokarmowego. 3. Laktoferyna w przewodzie pokarmowym. 4. Prebiotyczne działanie laktoferyny w przewodzie pokarmowym – testy in vitro. 5. Prebiotyczne działanie laktoferyny w przewodzie pokarmowym – testy in vivo. 6. Laktoferyna w diecie i suplementach diety. 7. Podsumowanie
1. Introduction. 2. Gut microbiota. 3. Lactoferrin in gastrointestinal tract. 4. Prebiotic activity in gastrointestinal tract – in vitro tests. 5. Prebiotic activity in gastrointestinal tract – in vivo tests. 6. Lactoferrin in diet and nutritional supplements. 7. Summary
Abstract: Our organism is colonized by trillions of symbiotic bacteria. The most numerous and varied bacterial population colonizes colon, upper respiratory airways and urogenital system. They act multidirectionally supporting our health. Symbiotic microbiota helps in acquirement of nutrients, regulates action of the immune system protecting mucosa and whole organism against pathogens, neutralizes some xenobiotics, thus acts as a preventive measure against carcinogenic mutations. This beneficial microbiota may be supported by uptake of probiotics and/or prebiotics in foods, diet supplements and drugs. They can be found in milk and dairy products, in particular
fermented ones (e.g kefir, yoghurt and cheese), which contain both probiotics and prebiotics, including lactoferrin. This protein has a confirmed action promoting growth of symbiotic microbiota of intestine and urogenital tract. Such activity, associated with antimicrobial action regarding pathogenic microorganisms, restores equilibrium of microbiota within mucous membranes that effectively eliminates pathogens and inflammatory processes. Youngest children are supported by lactoferrin acquired with maternal milk. Later we can relay on our own, endogenous proteins, secreted by mucous membranes and neutrophils and supply of dairy products (not subjected to aggressive
thermal processing) or diet supplements. We can find in the market the products containing lactoferrin alone, with another prebiotic, e.g inulin or oligosaccharides, and also with probiotics. Orally taken lactoferrin is effective as proved in a number of clinical studies. The protein is relatively resistant to digestion, may reach intestine, where acts on gut microbiota and local lymphoid tissue. In this way lactoferrin may enhance immunological status of our mucous system.
All posts by Postępy Mikrobiologii
Streszczenie: Drożdże S. cerevisiae var. boulardii, historycznie stanowiące odrębny gatunek, uznawane są obecnie za podgatunek drożdży S. cerevisiae. Szczepy Saccharomyces cerevisiae var. boulardii są powszechnie wykorzystywane w profilaktyce i leczeniu zaburzeń układu pokarmowego. Stosowanie preparatów na bazie S. cerevisiae var. boulardii wpływa na funkcjonowanie bariery jelitowej, co prowadzi do zmiany składu mikrobioty przewodu pokarmowego i łagodzi nieprawidłowości warstwy nabłonkowej jelita. Mimo klinicznie potwierdzonych, probiotycznych właściwości tych jednokomórkowych drobnoustrojów, wzrasta liczba doniesień na temat wywoływanych przez nie zakażeń u ludzi. Badania populacyjne sugerują, że drożdże S. cerevisiae są odpowiedzialne za 0,1–3,6% wszystkich przypadków grzybic, stwierdzanych u pacjentów stosujących terapię środkami probiotycznymi zawierającymi S. cerevisiae var. boulardii. Za czynniki predysponujące do rozwoju zakażeń uznaje się obecność centralnego cewnika żylnego, żywienie pozajelitowe, immunosupresję oraz choroby współistniejące. W niniejszej pracy zebrano najważniejsze informacje dotyczące biologii S. cerevisiae var. boulardii, a także przedstawiono najnowsze dane epidemiologiczne dotyczące fungemii wywoływanych przez te grzyby.
1. Wstęp. 2. Zastosowanie drożdży S. cerevisiae. 3. Izolacja i taksonomia probiotycznych drożdży S. cerevisiae var. boulardii. 4. Probiotyczne właściwości S. cerevisiae var. boulardii. 5. Zakażenia wywoływane przez S. cerevisiae var. boulardii. 5.1. Przegląd fungemii wywołanych przez S. cerevisiae var. boulardii. 6. Wnioski
1. Introduction. 2. Applications of S. cerevisiae yeasts. 3. Isolation and taxonomy of probiotic yeasts S. cerevisiae var. boulardii. 4. Probiotic features of S. cerevisiae var. boulardii. 5. S. cerevisiae var. boulardii infections. 5.1. Review of S. cerevisiae var. boulardii fungemia cases. 6. Conclusions
Abstract: S. cerevisiae var. boulardii yeasts, historically recognized as a separate species, are now considered a subspecies of S. cerevisiae. Strains of S. cerevisiae var. boulardii are widely used for prevention and treatment of disorders of human digestive system. The use of preparations based on S. cerevisiae var. boulardii impacts the functioning of the intestinal barrier, which leads to a change in the composition of the digestive tract microbiota and alleviates intestinal epithelial defects. Despite the clinically confirmed probiotic properties of these unicellular microorganisms, the number of reports of infections in humans has been increasing. Population studies suggest that S. cerevisiae yeasts are responsible for 0.1–3.6% of all cases of mycoses in patients receiving therapy with probiotics containing S. cerevisiae var. boulardii. The presence of a central venous catheter, parenteral nutrition, immunosuppression and co-morbidities in patients are considered as factors predisposing for infection. This work summarizes the most important information on biology of S. cerevisiae var. boulardii and presents the latest epidemiological data on fungemia caused by these fungi.
Streszczenie: Monitorowanie zużycia antybiotyków jest jednym z podstawowych narzędzi strategii walki z antybiotykoopornością, stanowi nieodłączny element programów polityki antybiotykowej i pomaga oceniać racjonalność terapii. Służy opisywaniu struktury i dynamiki stosowania środków przeciwbakteryjnych. Stosowana w programach monitorowania metodologia dawek dobowych definiowanych (DDD) i klasyfikacja ATC (anatomiczno-terapeutyczno-chemiczna) warunkują wiarygodność analizowanych danych i umożliwiają porównania między oddziałami, ośrodkami i regionami.
1. Wprowadzenie. 2. Co to jest monitorowanie i czemu służy? 3. Metodologia monitorowania stosowania antybiotyków. 4. Klasyfikacja ATC. 5. Dawka dobowa definiowana (DDD). 6. Wskaźniki stosowane do przedstawiania zużycia antybiotyków. 7. Podsumowanie
Abstract: Monitoring of antibiotic consumption is one of the basic tools of the strategies to combat antibiotic resistance, is an integral part of the antibiotic stewardships and helps to ensure the rational antibiotic therapy. It is used to describe the structure and dynamics of antibacterials usage. The defined daily dose (DDD) methodology and ATC (anatomical, therapeutic and chemical) classification used in the monitoring programs determine the reliability of the analyzed data and enable the comparison of the antibiotic consumption between departments, centers and regions.
1. Introduction. 2. What is the monitoring and what it is used for? 3. Antimicrobial consumption methodology. 4. ATC methodology. 5. Defined daily dose (DDD). 6. Antimicrobial consumption measures. 7. Summary
Streszczenie: Metoda MALDI-TOF MS jest nowym i coraz częściej wykorzystywanym w laboratoriach klinicznych narzędziem do identyfikacji drobnoustrojów. Szerokie zainteresowanie tą metodą wynika z jej wysokiej dokładności, szybkości uzyskiwania wyników identyfikacji mikroorganizmów oraz stosunkowo niskiego kosztu analiz. Implementacja tej techniki do identyfikacji dermatofitów jest jednak trudna. Trudności te spowodowane są naturalną złożonością biologiczną grzybów strzępkowych, bardzo wolnym tempem wzrostu drobnoustrojów i częstym wytwarzaniem pigmentów. Ponadto, identyfikacja dermatofitów tą techniką stanowi wyzwanie ze względu na brak jasnej definicji gatunku dla niektórych taksonów lub w obrębie niektórych kompleksów gatunkowych. Przegląd literatury naukowej wskazuje, że wiarygodność identyfikacji dermatofitów opartej na MALDI-TOF MS waha się między 13,5 a 100%. Liczne czynniki krytyczne związane z rutynowymi procedurami laboratoryjnymi, tj. rodzajem podłoża hodowlanego, czasem inkubacji, techniką ekstrakcji białek, typem urządzenia czy wersją biblioteki widm referencyjnych, warunkują taką zmienność w uzyskiwanych wynikach. Pomimo wielu ograniczeń metoda MALDI-TOF MS stanowi istotny postęp techniczny w diagnostyce mykologicznej i alternatywę dla czasochłonnej i pracochłonnej identyfikacji dermatofitów opartej o cechy morfologiczne oraz sekwencjonowanie DNA. Niemniej jednak zanim zostanie wdrożona do rutynowych badań diagnostycznych, konieczne jest rozszerzenie biblioteki widm referencyjnych dermatofitów, a także opracowanie procedur analizy bezpośredniej z próbek dermatologicznych.
1. Wprowadzenie. 2. Identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem metody MALDI-TOF MS. 3. MALDI TOF MS w diagnostyce mykologicznej. 4. Czynniki krytyczne identyfikacji dermatofitów metodą MALDI-TOF. 4.1. Wpływ stosowanego podłoża mikrobiologicznego. 4.2. Wpływ czasu inkubacji. 4.3. Wpływ procedury ekstrakcji białek i przygotowania matrycy. 4.4. Wpływ stosowanych urządzeń do spektrometrii masowej. 4.5. Wpływ biblioteki widm referencyjnych. 4.6. Wpływ algorytmu porównywania widm. 4.7. Wpływ zmian taksonomicznych. 5. Perspektywy rozwoju MALDI-TOF MS w diagnostyce mykologicznej. 6. Podsumowanie
Abstract: The MALDI-TOF MS method is a new technique, which is being increasingly used in clinical laboratories for identification of microorganisms. The wide interest in this method has been aroused by its high accuracy, instantaneous identification results, and relatively low cost of analyses. However, the application of this technique for identification of dermatophytes poses difficulties. They are caused by the natural biological complexity of filamentous fungi, very slow growth of cultures, and frequent production of pigments. Furthermore, identification of dermatophytes with this technique is a challenge due to the lack of a clear species definition for some taxa or within certain species complexes. A review of scientific literature indicates that the reliability of identification of dermatophytes based on MALDI-TOF MS is in the range between 13.5 and 100%. This variability is determined by many critical factors associated with routine laboratory procedures, i.e. the type of culture medium, incubation time, protein extraction technique, type of device, or version of the reference spectrum library. Despite these numerous limitations, the MALDI-TOF MS method is part of the significant technical progress in mycological diagnostics and an alternative to the time-consuming and labor-intensive identification of dermatophytes based on morphological traits and DNA sequencing. Nevertheless, before the technique can be implemented into routine diagnostic tests, it is necessary to expand the reference spectra library and develop procedures for direct analysis of dermatological samples.
1. Introduction. 2. Identification of microorganisms using the MALDI-TOF MS method. 3. MALDI TOF MS in mycological identification. 4. Critical factors in identification of dermatophytes with the MALDI-TOF method. 4.1. Impact of the microbiological medium. 4.2. Impact of the incubation time. 4.3. Impact of the protein extraction procedure and preparation of the matrix. 4.4. Impact of the mass spectrometry apparatus. 4.5. Impact of the reference spectrum library. 4.6. Impact of the spectrum comparison algorithm. 4.7. Impact of taxonomic changes. 5. Prospects for the development of MALDI-TOF MS in mycological diagnostics. 6. Summary