All posts by Postępy Mikrobiologii

SYSTEMATYKA I ANALIZY GENOMICZNE BAKTERII Z RODZAJU AZOTOBACTER

Systematics and genomic analysis of bacteria of the genus Azotobacter
M. Kozieł, A. Gałązka

PDF

Streszczenie: Bakterie z rodzaju Azotobacter są przedmiotem wielu badań prowadzonych zarówno w Polsce jak i za granicą. Zainteresowanie tą grupą bakterii w dużej mierze związane jest z ich właściwościami, które mogą być wykorzystywane w rolnictwie. Najnowsze badania opierają się na zaawansowanych metodach molekularnych i bazują na poznanej sekwencji genomów dwóch gatunków: Azotobacter vinelandii i Azotobacter chroococcum. W 2009 roku Setubal i in. opublikowali pełną sekwencję genomu Azotobacter vinelandii DJ, z kolei pełną sekwencję genomu Azotobacter chroococcum 8003 opublikowali Robson i in. w pracy z 2015 roku. Obie bakterie mają pojedynczy, kolisty chromosom o wielkości odpowiednio 5,365,318 pz. i 5,192,291 pz. Poznanie i porównanie sekwencji genomów Azotobacter vinelandii DJ i Azotobacter chroococcum 8003 pozwoliło odpowiedzieć na wiele pytań dotyczących ewolucji, różnorodności i miejsca tych bakterii w środowisku. Zsekwencjonowanie większej liczby genomów innych szczepów A.chroococcum i A. vinelandii przyniosłoby wiele korzyści i pozwoliłoby uporządkować dotychczasową wiedzę na ich temat.

1. Wstęp. 2. Pozycja taksonomiczna Azotobacter spp. 3. Analizy genomiczne przedstawicieli Azotobacter spp. – szczepów Azotobacter vinelandii DJ i Azotobacter chroococcum 8003. 4. Podsumowanie

Abstract: Bacteria belonging to the genus Azotobacter are the subject of many studies conducted both in Poland and around the world. The interest in this group of bacteria is largely related to their properties being very useful for agriculture. Recent studies are based on advanced molecular methods and genomic sequence of the two species: Azotobacter vinelandii and Azotobacter chroococcum. In 2009, Setubal et al. published the complete genome sequence of Azotobacter vinelandii DJ, while the full sequence of Azotobacter chroococcum 8003 genome was published by Robson et al. in publication from 2015. Both bacteria have a single, circular chromosome of 5,355,318 bp and 5,192,291 bp respectively. Understanding and comparing the genome sequence of Azotobacter vinelandii DJ and Azotobacter chroococcum 8003 answered many questions about the evolution, diversity and location of these bacteria in the environment. The sequencing of a larger number of genomes of other A.chroococcum and A. vinelandii strains would bring many benefits and would help to organize the existing knowledge about them.

1. Introduction. 2. Taxonomic position of Azotobacter spp. 3. Genomic analysis of representatives of Azotobacter spp. – Azotobacter vinelandii DJ and Azotobacter chroococcum 8003 strains. 4. Summary

WPŁYW HIGIENY RĄK PERSONELU MEDYCZNEGO NA TRANSMISJĘ CZYNNIKÓW ETIOLOGICZNYCH ZAKAŻEŃ ZWIĄZANYCH Z OPIEKĄ ZDROWOTNĄ

The impact of hand hygiene of healthcare profes- sionals on the transmission of etiological agents of healthcare associated infections – HAI
K. Szarek, M. Kabała, G. Martirosian

PDF

Streszczenie: Prawidłowo przeprowadzona procedura mycia i dezynfekcji rąk, wśród pracowników jednostek medycznych jest jedną z podstawowych zasad zapobiegania zakażeniom związanym z opieka zdrowotną, które znacznie wydłużają hospitalizację, generując większe koszty. Celem pracy było dokonanie przeglądu dostępnej literatury na temat źródeł szerzenia się zakażeń szpitalnych w kontekście higieny rąk personelu. Ocena, czy procedury te są wykonywane prawidłowo oraz czy ręce i paznokcie mają wpływ na rozprzestrzenianie się drobnoustrojów w środowisku szpitalnym. Literatury szukano w bazach danych PubMed oraz Google Schoolar, wpisując odpowiednie słowa kluczowe. Zebrane dane literaturowe jednoznacznie wskazują jak istotną rolę w przerwaniu łańcucha epidemiologicznego zakażeń szpitalnych ma prawidłowa procedura mycia rąk; krótkie oraz niepomalowane paznokcie a także brak biżuterii na rękach personelu szpitalnego.

1. Wstęp 2. Cel 3. Wyniki przeglądu 4. Podsumowanie

 

Abstract: Appropriate hand washing and disinfection procedures among medical employees are one of the basic principles of preventing healthcare-associated infections (HAI), which can significantly extend hospitalization and generate higher costs. The aim of the study was to review the available literature on the sources and transmission of HAI in the context of medical staff hand hygiene, to evaluate, whether these procedures are performed correctly and whether the hands and nails contribute to the transmission of microorganisms in the hospital environment. Medical literature was searched in PubMed and Google Schoolar databases by entering appropriate keywords. The collected literature clearly show how important is the correct hand washing procedure, short and unpainted nails and no jewellry on the hands of hospital staff in breaking the chain of nosocomial infections.

1. Introduction. 2. Aim 3. Results of the review. 4. Summary

SMALL COLONY VARIANTS – PRZYCZYNA ZAKAŻEŃ PRZEWLEKŁYCH

SMALL COLONY VARIANTS – THE CAUSE OF CHRONIC INFECTIONS
Joanna Nowicka, Elżbieta Piątkowska

PDF

Streszczenie: U niektórych mikroorganizmów mogą powstawać specyficzne odmiany morfologiczne tzw. Small Colony Variants (SCVs). Taką cechę odnotowano między innymi u ziarniaków Gram-dodatnich, głównie gronkowców, ale także u pałeczek Gram-ujemnych. Odmienne, w porównaniu do typowych kolonii tych mikroorganizmów, właściwości Small Colony Variants, głównie ich małe rozmiary, dają możliwość przeżycia wewnątrzkomórkowego (np. w komórkach nabłonka czy śródbłonka), i co za tym idzie „uciekania” przed
mechanizmami obronnymi ustroju gospodarza. W ten sposób formy SCV unikają oddziaływania składowych dopełniacza czy przeciwciał. Charakteryzują się również opornością na antybiotyki, głównie aminoglikozydowe czy preparaty skojarzone, jak np. trimetoprim-sulfametoksazol. Te dosyć istotne, z punktu widzenia klinicznego cechy, małe rozmiary jak i oporność na antybiotyki, powodują, że formy SCV najczęściej odpowiadają za zakażenia przewlekłe, nawracające, i co warto zaznaczyć, trudne do diagnostyki, ale także leczenia. Jak podaje literatura, SCV różnych mikroorganizmów mogą być izolowane z zakażeń układowych z różną lokalizacją i tym samym ze zróżnicowanych materiałów klinicznych (np. krew, kości, tkanki miękkie). Formy SCV Staphylococcus aureus często izolowane są od pacjentów z mukowiscydozą czy zapaleniem kości i szpiku. W pracy przedstawiono charakterystykę i znaczenie kliniczne tej wyjątkowej formy morfologicznej bakterii.

1. Ogólna charakterystyka form SCV. 2. Mechanizm tworzenia form SCV. 3. Unikanie odpowiedzi układu immunologicznego przez formy Small Colony Variants. 4. Znaczenie kliniczne form SCV – opis wybranych przypadków. 4.1. Gronkowce. 4.2. Pseudomonas aeruginosa. 4.3. SCV innych mikroorganizmów. 5. Podsumowanie

 

Abstract: Some microorganisms are characterised by the ability to create specific morphological varieties called Small Colony Variants (SCVs). This characteristic was noted, among others, in Gram-positive cocci, mainly staphylococci, but also in Gram-negative bacilli. The properties of Small Colony Variants that differentiate them from wild-type colonies (mainly their small size) facilitate their intracellular survival (e.g. in epithelial or endothelial cells) as a result of which they can escape host immune response. In this way, SCV forms avoid the effects of complement components or antibodies. They are also characterised by resistance to antibiotics, mainly aminoglycoside or combination drugs, such as trimethoprim-sulfamethoxazole. The above features, which are important from a clinical point of view, namely small size and antibiotic resistance, make SCV one of the main causes of chronic, latent and recurrent infections which are difficult not only to diagnose, but also to treat. According to the literature, SCV of various microorganisms can be isolated from systemic infections of various organs and therefore from different clinical materials (e.g. blood, bones, soft tissues). SCV forms of Staphylococcus aureus are often isolated from patients with cystic fibrosis or osteomyelitis. The paper presents the characteristics and clinical relevance of this unique morphological form of bacteria.

1. General characteristics of SCV. 2. Formation mechanism of SCV. 3. Avoidance of host immunity by Small Colony Variants. 4. Clinical significance of SCV – description of selected cases. 4.1. Staphylococci. 4.2. Pseudomonas aeruginosa. 4.3. SCVs of other microorganisms. 5. Summary

CZY ISTNIEJE ZWIĄZEK MIĘDZY MIKROBIOTĄ JELITOWĄ A CUKRZYCĄ?

IS THERE A RELATIONSHIP BETWEEN THE INTESTINAL MICROBIOTA AND DIABETES?
Alicja Wujkowska, Beata Sińska

PDF

Abstract: Due to the total number of microorganisms and multitude of roles they play in the human body, intestinal bacteria are increasingly called the “microbial organ”. Proper composition of the gastrointestinal microbiome is necessary to maintain human health. According to the latest studies, the imbalance in the composition of intestinal microorganisms, called dysbiosis, can result in development of numerous diseases, including metabolic disorders e.g. diabetes. The incidence of this disease is constantly increasing. The pathogenesis of diabetes is complicated and not yet fully understood. However, it is known that many factors influence its development. Intestinal microbiota is increasingly mentioned among them. Based on a literature review related to the subject, it can be concluded that dysbiosis, intestinal barrier damage and endotoxemia adversely affect metabolic parameters.

1. Introduction 2. The composition and distribution of microorganisms in the digestive tract 3. The functions of intestinal microorganisms 4. Factors influencing the composition of the intestinal microorganisms 5. Intestinal dysbiosis – an imbalance in microbiome composition 6. Diabetes as a civilization disease. 7. Intestinal microbiota and types 1 and 2 diabetes 8. Conclusions

1 7 8 9 10 11 88