Browsing tag: Staphylococcus

Molekularne metody identyfikacji bakterii z rodzaju Staphylococcus

Molecular methods for the identification of bacteria from the genus Staphylococcus
E. Szczuka, N. Makowska, A. Kaznowski

1. Wprowadzenie. 2.1. Różnicowanie gatunków na postawie sekwencji 16S rDNA. 2.2. Wykorzystanie polimorfizmu międzygenowego 16S rRNA i 23S rRNA do identyfikacji gronkowców. 2.3. Identyfikacja gronkowców na podstawie sekwencji oraz analizy restrykcyjnej genu gap. 2.4. Sekwencja genu hsp60 jako marker genetyczny stosowany w klasyfikacji i identyfikacji gronkowców. 2.5. Polimorfizm genu dnaJ wykorzystany w identyfikacji Staphylococcus spp. 2.6. Różnicowanie gatunków gronkowców na podstawie sekwencji genu tuf. 2.7. Diagnostyka gatunków gronkowców w oparciu o polimorfizm genu sodA. 2.8. Identyfikacja na postawie sekwencji genu rpoB. 3. Zastosowanie reakcji PCR w czasie rzeczywistym w diagnostyce gronkowców. 4. Wykorzystanie spektrometrii mas w identyfikacji gronkowców. 5. Podsumowanie

Abstract: Staphylococci are increasingly recognized as etiological agent of many opportunistic human and animal infections, indicating the need for rapid and accurate identification of these bacteria. In recent years, a significant progress in the identification and phylogenetic studies of Staphylococcus species has been made. In this paper we describe several molecular methods used in taxonomy and identification of staphylococci. The analysis of 16S rRNA gene, gap gene (coding for glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), hsp60 gene (encoding heat shock protein Hsp60), dnaJ gene (encoding heat shock protein Hsp40), tuf gene (encoding elongation factor Tu), sodA gene (encoding superoxide dismutase), ropB gene (encoding the beta subunit of RNA polymerase) has been used as tool for the identification of Staphylococcus isolates. Besides the sequence analysis, the PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of core genes (16S rRNA, gap, hsp60, dnaJ, tuf) has been described. Attention is also paid to new molecular methods such as real-time PCR and mass spectrometry.

1. Introduction. 2.1. Differentiation of staphylococcal species based on 16S rRNA gene sequence. 2.2. Use of the polymorphism of the 16S-23S rRNA spacer for staphylococci identification. 2.3. Identification of staphylococci using the sequence and restriction fragment length polymorphism analysis of gap gene. 2.4. The sequence of the hsp60 gene as a marker for classification and identification of staphylococci. 2.5. Use of polymorphism of dnaJ gene for the identification of Staphylococcus spp. 2.6. Differentiation of staphylococcal species based on tuf gene sequence. 2.7. Use of the polymorphism of sodA gene in diagnostics of staphylococcal species. 2.8. Identification based on ropB gene sequence. 3. Application of real-time PCR in diagnostics of staphylococci. 4. Application of mass spectrometry in the identification of staphylococcal isolates. 5. Summary

Zróżnicowanie kaset SCCmec u metyloopornych gronkowców koagulazo-ujemnych

Differentiation of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) in methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci
E. Szczuka, A. Kaznowski

1. Wstęp. 2. Budowa kaset SCCmec. 3. Występowanie kaset SCCmec u gronkowców koagulazo-ujemnych. 3.1. Zróżnicowanie kaset SCCmec u Staphylococcus epidermidis. 3.2. Identyfikacja kaset występujących u szczepów Staphylococcus haemolyticus. 3.3. Charakterystyka kaset u Staphylococcus hominis. 3.4. Występowanie kaset SCCmec u gronkowców sporadycznie izolowanych od chorych ludzi. 3.5. Charakterystyka kaset SCCmec obecnych u szczepów izolowanych od zwierząt. 4. Podsumowanie

Abstract: Staphylococcal chromosomal cassette mec (SCCmec) is a mobile genetic element that harbors the mec genes which encode resistance to methicillin and almost all β-lactam antibiotics. Also resistance genes for aminoglycosides, macrolides, tetracyclines can accrue on SCCmec elements. Coagulase-negative staphylococci are thought to be a reservoir of diverse SCCmec elements that can spread to Staphylococcus aureus or other species of Staphylococcus. A diversity of SCCmec types, with many new combinations of the mec and ccr gene complex as well as nontypeable types were recognized among the MR-CNS strains.

1. Introduction. 2. The structure of SCCmec elements. 3. Distribution of SCCmec types in coagulase-negative staphylococci. 3.1. Differentiation of SCCmec types in Staphylococcus epidermidis. 3.2. Identification of SCCmec in Staphylococcus haemolyticus. 3.3. Characteristics of SCCmec in Staphylococcus hominis. 3.4 Distribution of SCCmec types in sporadic staphylococcal isolates from patients. 3.5 Characteristics of SCCmec types in bacterial strains isolated from animal sources. 4. Summary