Browsing tag: bacteria

MIKROBIOM PRZEWODU POKARMOWEGO CZŁOWIEKA – WYBRANE DANE

THE HUMAN GASTROINTESTINAL TRACT MICROBIOME – SELECTED DATA
Beata Tokarz-Deptuła, Paulina Dudziak, Natalia Gurgacz, Wiesław Deptuła

PDF

Streszczenie: W pracy przedstawiono nowe dane wskazujące na skład mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka, składający się z bakterii, archeonów, wirusów (w tym bakteriofagów), a także organizmów eukariotycznych i heterotroficznych jakimi są grzyby – których bytowanie w przewodzie pokarmowym określane jest mianem mykobiomu. Przewód pokarmowy człowieka podzielony na jamę ustną, gardło, przełyk, żołądek, jelito cienkie i grube, zasiedlany wyżej wymienionymi drobnoustrojami, tworzy swoisty jakościowo-ilościowy, bogaty i zróżnicowany swoisty ekosystem. Dzięki stosowaniu metod bioinformatycznych, molekularnych oraz dzięki sekwencjonowaniu metagenomowemu jest on nadal poznawany, a dzięki tym metodom możliwe jest jego lepsze poznanie. W niniejszej pracy scharakteryzowano grupy systematyczne bakterii, archeonów, wirusów i grzybów występujące w poszczególnych odcinkach przewodu pokarmowego i wskazano także na enterotypy jelita grubego. Analizując wymienione grupy mikroorganizmów w poszczególnych odcinkach przewodu pokarmowego człowieka, należy zauważyć, że odcinek jelita grubego i jamy ustnej jest „wyposażony” w najbardziej bogaty mikrobiom, natomiast gardło i przełyk posiada najmniejszą liczbę drobnoustrojów wchodzących w skład mikrobiomu. Wśród całości mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka najliczniejszą grupę stanowią bakterie usytuowane w jamie ustnej i jelicie cienkim, zaś najbardziej ograniczoną grupę bakterii rejestruje się w gardle i przełyku. Archeony natomiast zostały opisane najliczniej w jelicie grubym i jamie ustnej, a nie zostały stwierdzone w gardle i jelicie cienkim. Wymieniane w odcinkach przewodu pokarmowego wirusy, najliczniej występowały w jelicie grubym i jamie ustnej, natomiast nie stwierdzono ich w żołądku. Występujące w mikrobiomie grzyby, najobficiej stwierdzane były w jelicie grubym i żołądku, a w najmniejszej ilości w gardle i jelicie cienkim.

1. Wstęp. 2. Elementy składowe mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka. 3. Mikroorganizmy przewodu pokarmowego człowieka. 3.1. Bakterie, archeony, wirusy i grzyby występujące w jamie ustnej. 3.2. Bakterie, wirusy i grzyby występujące w gardle. 3.3. Bakterie, archeony, wirusy i grzyby występujące w przełyku. 3.4. Bakterie, archeony i grzyby występujące w żołądku. 3.5. Bakterie, wirusy i grzyby występujące w jelicie cienkim. 3.6. Bakterie, archeony, wirusy i grzyby występujące w jelicie grubym. 4. Podsumowanie

Abstract: The paper presents new data indicating the composition of the human gastrointestinal microbiome, consisting of bacteria, archaea, viruses (including bacteriophages), as well as eukaryotic and heterotrophic organisms such as fungi – the existence of which in the gastrointestinal tract is referred to as the mycobiome. The human digestive tract, divided into the oral cavity, pharynx, esophagus, stomach, and small and large intestine, inhabited by the microorganisms mentioned above, forms a specific qualitative and quantitative, rich and diverse specific ecosystem. Thanks to the use of bioinformatic and molecular methods, including metagenomic sequencing, it is still being discovered. In this review, systematic groups of bacteria, archaea, viruses, and fungi occurring in individual sections of the gastrointestinal tract are presented, and enterotypes of the large intestine are indicated. Considering the amounts of the above-mentioned groups of microorganisms in individual sections of the gastrointestinal tract of the human, the environment of the large intestine and oral cavity are the richest parts of the microbiome, while the throat and esophagus are the poorest. Among the microbiome of the digestive tract of the human, the most numerous group are bacteria located in the mouth and small intestine, while the the most limited group of bacteria is registered in the pharynx and esophagus. Archaea, on the other hand, have been described most frequently in the large intestine and stomach, and were not found in the throat and small intestine. Most viruses in the gastrointestinal tract were found in the large intestine and the oral cavity, while they were absent in the stomach. The fungi found in the microbiome were most abundant in the large intestine and stomach, and the smallest amount in the throat and small intestine.

1. Introduction. 2. Components of the human gastrointestinal tract microbiome. 3. Microorganisms of the human gastrointestinal tract. 3.1. Bacteria, archaea, viruses and fungi occurring in the oral cavity. 3.2. Bacteria, viruses and fungi found in the throat. 3.3. Bacteria, archaea, viruses and fungi found in the esophagus. 3.4. Bacteria, archaea and fungi present in the stomach. 3.5. Bacteria, viruses and fungi found in the small intestine. 3.6. Bacteria, archaea, viruses and fungi found in the large intestine. 4. Conclusions

Microorganisms as indoor and outdoor air biological pollution

Mikroorganizmy jako biologiczne zanieczyszczenia wewnętrznego i zewnętrznego powietrza
S. Siebielec, M. Woźniak, A. Gałązka, G. Siebielec

PDF

Abstract: Air pollution is a major threat to human health. Biological air pollution is predominantly caused by the pollen of plants, fungi, bacteria and viruses. The main sources of microorganisms in the air include soil, water and the decomposition of organic matter, while anthropogenic sources are represented by landfills, wastewater treatment plants, composting facilities and traffic. Microorganism populations in the air can be seasonal or relatively constant, but the most frequent increase in their occurrence is recorded in the summer and autumn. Studies show that humidity, the presence of carbon monoxide and ozone concentrations are the main factors affecting the diversity of bacteria and the percentage of pathogenic bacteria present in outdoor air. Microorganisms in the air inside residential buildings are primarily concentrated on dust particles. Approximately 60% of dust microbiota are spores of mould fungi. The key emitters of microorganisms into the atmosphere are municipal wastewater treatment plants. The bacteria and pathogens released are potentially resistant to antibiotics, rendering the bioaerosols of wastewater treatment plants a possible hazard to human health. There is a need for further research aimed at explaining the magnitude of impacts of air microorganisms on human health.
1. Introduction. 2. Sources, transport and factors affecting the presence of microorganisms in the outdoor air. 3. Microorganisms in the air inside residential buildings. 4. Microorganisms in indoor air in offices and public spaces. 5. Microorganisms in the air of industrial facilities. 6. Bioaerosols within sewage treatment plants. 7. Air microorganisms as an important factor influencing human health. 8. Conclusions

 

Streszczenie: Zanieczyszczenia powietrza stanowią jedno z głównych zagrożeń dla zdrowia człowieka. Zanieczyszczenia biologiczne powietrza to w głównej mierze pyłki roślin, grzyby, bakterie oraz wirusy występujące w powietrzu jako tzw. bioaerozole biologiczne. Do głównych źródeł zanieczyszczeń mikrobiologicznych powietrza należą źródła naturalne, takie jak gleba, woda czy rozkład materii organicznej, a do źródeł antropogenicznych składowiska odpadów, oczyszczalnie ścieków, kompostownie, a także ruch uliczny. Pojawiające się w powietrzu populacje mikroorganizmów mogą mieć charakter zarówno sezonowy, jak również całoroczny, jednakże najczęściej, wyraźne nasilenie narażenia ich występowania następuje w okresie letnim i jesiennym. Badania wskazują, że wilgotność, obecność tlenku węgla i stężenie ozonu są głównymi czynnikami, wpływającymi na różnorodność bakterii i odsetek występujących tam bakterii chorobotwórczych w powietrzu zewnętrznym. Mikroorganizmy w powietrzu wewnątrz budynków mieszkalnych znajdują się przede wszystkim w kurzu. Jak wykazano, około 60% mikrobioty kurzu stanowią zarodniki grzybów pleśniowych. Do istotnych emiterów drobnoustrojów do powietrza atmosferycznego należą oczyszczalnie ścieków komunalnych. Obecność uwolnionych bakterii i patogenów opornych na antybiotyki w oczyszczalni ścieków sprawia, że bioaerozole oczyszczalni stanowią potencjalne ryzyko zdrowotne. Koniecznością staje się prowadzenie kontroli oraz stałe monitorowanie jakości powietrza, zarówno w pomieszczeniach zamkniętych, jak i przestrzeniach otwartych, pod względem występujących w nim mikroorganizmów, szczególnie w odniesieniu do ich wpływu na zdrowie człowieka. Ponadto istnieje potrzeba dalszych badań, dla wyjaśnienia roli mikroorganizmów przenoszonych przez powietrze i ich wpływu na zdrowie człowieka.
1. Wprowadzenie. 2. Źródła, transport i czynniki wpływające na obecność mikroorganizmów w powietrzu zewnętrznym. 3. Mikroorganizmy w powietrzu budynków mieszkalnych. 4. Mikroorganizmy w wewnętrznym powietrzu biur i innych obiektów przestrzeni publicznej. 5. Mikroorganizmy w powietrzu zakładów przemysłowych. 6. Bioaerozole w obrębie oczyszczalni ścieków. 7. Mikroorganizmy w powietrzu jako istotny czynnik wpływający na zdrowie człowieka. 8. Wnioski